伊宁市人民检察院内设机构8个：办公室（司法警察大队）、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、综合检察业务部、政治部。核定政法专项编制数63名，工勤编制2名，聘用制书记员25名。核定院领导职数6名（含政治部主任），检察委员会专职委员3名，内设领导职数17名。

实有政法专项编制数57人，工勤1人，聘用制书记员20人。班子成员5人，检委会专职委员2人，中层领导15人。实有员额检察官24人（三级高级检察官2名，四级高级检察官4名，一级检察官14名，三级检察官4名），其中少数民族员额检察官10人。实有检察官助理27人（一级检察官助理2人，三级检察官助理5人，四级检察官助理7人，五级检察官助理11人，试用期检察官助理2人）。行政人员3人，司法警察3人。实有科级及以上领导干部12人，其中县处级领导2人，正科级检察员4人，副科级检察员及副主任科员6人。

伊宁市人民检察院党组在上级院及市委的正确领导下，狠抓领导班子建设、党的建设、思想政治工作、检察业务、民族团结、教育科技文化、社会治安综合治理、计划生育、公民道德教育、环境卫生、机关规范化管理等各项工作。经过全院干警的不懈努力，全院干警在政治、道德、业务和文化素质等方面都得到了长足的发展，树立了人民检察官的良好形象。先后获得自治区检察院集体一等功、最高人民检察院集体一等功、自治区检察院“五好检察院”、“人民满意的检察院”、先进基层党组织、自治区级卫生红旗单位、全疆先进基层检察院”、“全疆示范检察院”、自治区“严打”专项行动集体二等功、自治区扫黑除恶专项斗争先进集体等荣誉称号，尤其是2020年-2021年连续两年荣获了全国检察宣传先进单位荣誉称号。